位于()东京西部的巨大“学园都()市”。在总人口达()230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。                                                                    　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。                                                                    　　而上()条的学生生活，由于暑假开()始时从()天而降的纯白修女而发生了()巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入()了各种各样的事件中。统()率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方()，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔()法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。                                                                    　　如同呼应魔法方一般，科学方()的学园()都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不()断出()现。那些()通过与上条有所关联，而使命运大为改()变的“英雄()”们。                                                                    　　他们挺身而出与世界对峙。如同上()条当麻做()过的那样。                                                                    　　科学与魔法第三()次交织之时，故事将大幅推进！！